Base de données PhEVER
31/03/11

PhEVER : une base de données innovante

PhEVER FRL’inconvénient majeur des bases de données publiques de phylogénie est leur compartimentation taxonomique: elles recherchent les homologies soit au sein d’un groupe de gènes viraux, soit entre les gènes des hôtes viraux (animaux, plantes…), mais elles ne proposent généralement pas d’étude d’homologie entre les deux. Les rares bases de données qui comparent des séquences génétiques virales et non virales ne présentent pas d'arbres phylogénétiques. Il était donc, jusqu’il y a peu, impossible d’analyser à grande échelle les échanges de gènes entre organismes cellulaires et virus. C’est en cela que PhEVER a innové. Contenant les séquences de l'ensemble des génomes viraux, procaryotes et eucaryotes, elle est la première base de données publique à permettre la comparaison entre des séquences génétiques virales et non-virales issues de génomes entièrement décryptés et annotés, fournissant ainsi des informations utiles pour l’étude du transfert de matériel génétique entre le virus et la cellule infectée, ainsi que sur leur évolution au cours du temps.

Travail pluridisciplinaire

PhEVER est donc une base de données complète et unique. Elle fait d’ailleurs l’objet d’un article (1) paru en janvier 2011 dans Nucleic Acids Research, dans lequel on constate qu’elle est le fruit d’un travail clairement pluridisciplinaire. En effet, bien que spécialisés en bioinformatique (domaine qui cherche à répondre à des questions biologiques en s'appuyant sur des méthodes issues des statistiques, des mathématiques et de l'informatique), les chercheurs à l’origine de ce projet ont une formation initiale dans des domaines variés : virologues et immunologistes, mathématiciens, physiciens… Parmi eux, Leonor Palmeira, biologiste de formation, est intégrée depuis peu à l’Université de Liège, au sein du département des maladies infectieuses et parasitiques de la faculté de médecine vétérinaire. Engagée dans un projet plus large (Interaubio) mis en place à Lyon et visant à étudier les interactions hôtes-virus à travers le développement de nombreux outils bioinformatiques, c’est elle qui fut chargée de créer la base de données PhEVER. Quelle fut la démarche ?

 

(1)  L. Palmeira, S. Penel, V. Lotteau, C. Rabourdin-Combe and C. Gautier. PhEVER: a database for the global exploration of virus–host evolutionary relationships Nucleic Acids Research, 2010,  1–7

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