Base de données PhEVER
31/03/11

Des arbres phylogénétiques

 Afin de répondre à cette question, il est utile de pouvoir quantifier la fréquence de transfert de matériel génétique entre le virus et son hôte,  ainsi que son impact sur leur évolution. D’où l’intérêt de PhEVER (Phylogenetic Exploration of Viruses' Evolutionary Relationships), une nouvelle base de données utile en matière de phylogénie, discipline visant à classer des séquences génétiques codant pour une protéine et issues du génome de différentes espèces biologiques en fonction de leurs «homologies» ou degré de parenté (ou encore degré de similarité) en vue de comprendre l’évolution de cette protéine. La classification s’établit dans une base de données, à savoir une structure qui permet de stocker et d'accéder à une grande quantité d'informations de manière efficace, en l’occurrence des séquences génétiques décryptées et issues du génome de diverses espèces vivantes.  Des programmes informatiques complexes permettent alors la comparaison des séquences issues d'une même famille de gènes, c’est-à-dire codant pour des protéines ayant des caractéristiques structurelles ou fonctionnelles proches, afin d’y scanner des homologies. La classification qui en résulte se présente sous forme d’un « arbre phylogénétique » et traduit l’histoire évolutive de cette famille de gènes. Si la topologie de l’arbre, qui traduit donc l'histoire de la protéine au cours de l’évolution, est différente de la topologie connue de l'arbre d’évolution des espèces vivantes, alors l'histoire évolutive de la protéine est différente de celle des espèces. Cela indique que la protéine n'a pas uniquement évolué par descendance directe (transfert héréditaire du matériel génétique d’une génération à la suivante), mais par des échanges entre espèces d’une même génération, ce qu'on appelle le transfert horizontal.

Arbre Woese
 
Voir aussi l'arbre phylogénétique de Francesca Ciccarelli, publié dans le journal Science en 2006
 

Page : précédente 1 2 3 4 suivante